並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦,命名為「馬克羅斯」(MACROSS,德文「大宇宙」之意)。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂,在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後,在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天,在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射,並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦!事已至如此頓時成了趕鴨子上架,不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰,並讓馬克羅斯升空啟航,以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥,並救起了一位名叫林明美的少女,且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛,卻也開始介入了戰事的發展之中,甚而成為主導後來歷史走向的契機……
故事发生在日本关东北部的美南市。它一点也不像年轻人毫无斗志的新太郎昭信二(岛谷直树配音),看似精力充沛但出乎意料的任性福岛龙马(石井隆吉配音),以及拥有超丰富知识库的活字典王储万作(安田路也配音),这四个非常不可靠的高中男生组成了“地球防御部”。尽管它们听起来可能很令人印象深刻,但事实上,每个部门的每个人都无所事事,开着非常悠闲和懒惰的玩笑。一天,在一次意外中,一个名叫卡鲁鲁斯(江口拓配音)的陌生美丽的年轻人意外来到了地球防御部。