十多年前,一只名叫“九尾妖狐”的强大怪物袭击了Kiba Ninja村。当时,第四代火影不惜一切代价,将“九尾妖狐”封印在刚出生的火影忍者身上。木叶村终于恢复了平静,但村民们把鸣人视为“九尾妖狐”一样的怪物,每个人都与他保持距离。
战国时期,日本被鬼神等未知生命形式统治了150年,但只有“武士团”反抗其统治,并坚持不懈地斗争。武藏和小次郎也向往武士,并发誓有一天会组成最强的武士团。然而,他们居住的城镇将鬼神视为神,并将武士视为异端。
童年的一个仲夏,一个叫棉花的女孩(由猫野爱一配音)在一次事故中去世。这起猝死事件深深地伤害了她童年时的五个玩伴——任泰、安明、雪姬、何简子和波波。由六个人组成的秘密基地“超级和平破坏者”解散了,五个活着的人在无法弥补的创伤中长大,并渐行渐远。