然而，随着体内携带者的呼唤，她逐渐暴露了自己的杀手本性，并被研究所逮捕入狱。八年后，露西逃离了研究所，但由于严重的脑损伤，她失去了记忆，成为了一个“白痴女孩”。此时，由于童年时期的一次重大打击，浩太也患上了选择性健忘症。两人再次见面，浩太以陌生人的身份收留了露西。穿插在他们断断续续的记忆中，故事逐渐走向两个极端。
20世纪末，15岁的少年榊原恒一（阿部敦 配音）由于父亲前往海外公干的原因，于是来到亡母的家乡夜见山市，暂住阿姨三神怜子（宮牧美沙代 配音）家中等待转入新的学校。
与之相对，壁花小姐日向雏田（水树奈奈 配音）则始终站在角落里，默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾，怎奈无法鼓足勇气交给对方，喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚，雏田的妹妹花火（浅井清己 配音）遭到不明身份之人劫持，带火的陨石则落在附近的山坡之上。为了救回花火，阻止地球毁灭，鸣人、雏田、小樱（中村千绘 配音）、鹿丸（森久保祥太郎 配音）和佐井奉命前去调查舍人（福山润 配音）的真身。在此过程中，鸣人不小心知晓了雏田的心意…… 本片情节介乎《火影忍者》漫画699话和700话之间
