Kochi（由Reika Matsumoto配音）来自镇心镇，他的目标是成为神奇宝贝的顶级教练。在他即将踏上训练师之旅的那天，由于迟到，他没有收到最初的精灵。
故事发生在东京的稻木坂学院。经济衰退、人口老龄化和其他社会问题使这所学校的招生成为一个挑战。由于找不到任何学生，学校不得不关闭，就在这时，九个年轻女孩站了起来。这些对学校有着深厚感情的女孩决定努力保护学校不被遗弃。
东京战争一年后，布列塔尼男孩鲁鲁修在11区（原日本）过着普通的学生生活。然而，在鲁鲁修和他的兄弟罗洛之间的一次旅行中，他们遇到了黑骑士的残余。在与女孩C·C再次签约后，尘封的记忆就摆在了路路秀面前。
