故事发生在虚构的未来世界,彼时,人类因为疏忽和大意而失去了制海权,海洋,成为了人们可望而不可即的所在,盘踞在那里的,是一股名为“深海栖舰”的强大势力。
日本科学技术大学的教授上田次郎(阿部宽饰)主攻物理学。他向全日本的超能力者发出挑战,“如果能在我面前证明超能力的存在,将获得奖赏”。这一广告,吸引了落魄的魔术师,曾经日本第一魔术师山田刚三的女儿,山田奈绪子(仲间由纪恵饰)的注意。
许多年后,爱德华(山田龙之介饰)成长为这个国家最年轻的钢铁炼金术师。他和他的兄弟(水石屋飞梦配音)一起找到了哲学家的石头。与此同时,神秘的人造人Raster(松由康子饰)和Enwei(本真敏雄饰)徘徊在这个国家的角落。他们的规划者的可怕活动,天空有一段时间多云。。。这部电影是根据荒川宏的原创漫画改编的。