自从巨人出现,人类的和平与幻想破灭的那一天起,艾伦·耶格尔无休止的战斗就没有中断过。在没有任何抵抗的情况下,艾伦看着母亲成为巨人的诱饵,发誓要把巨人一个接一个地赶出这个世界。然而,在残酷的战斗中,他自己也变成了一个巨人。
一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。 挺身而出的G UTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气的影之继承者——邪恶特利迦的身姿。 为了守护大家的笑容,特利迦奥特曼、GUTS-SELECT的队员们以及夏川遥辉/泽塔奥特曼(平野宏周 饰)、伊格尼斯/黑暗特利迦(细贝圭 饰),将一同投身这场光与影的大决战!